En 1961 un grupo de empresarios mexicanos preocupados por la educación de los niños y jóvenes de zonas rurales, fundaron el Centro Agropecuario Experimental El Peñón en terrenos de la Exhacienda de Santa Clara de Montefalco en Jonacatepec, Morelos.	Ruinas de la Hacienda de Santa Clara de Montefalco	Su objetivo  fue enfocado a proporcionar capacitación técnica a los jóvenes del Valle de Amilpas, para que se dedicaran con mayor provecho al trabajo del campo en sus vertientes agrícola y pecuario, además de brindar una formación integral.	En 1971 inicia la Telesecundaria, una de las primeras del país.
Visita de San Josemaría en el año de 1970	En1984 se inagura el Centro de Bachillerato Tecnológico Agropecuario, con ello se abrió la oportunidad de ingresar a cualquier universidad de prestigio nacional, algo que por décadas fue imposible.	En 1994 inicia actividades la Escuela de Padres de Familia de El Peñón que pretende orientar la formación de los padres de familia para consolidar familias integradas y participando activamente en la formación de sus hijos.	El Peñón se constituye como una Institución de Asistencia Privada (I. A. P.) en 1997 brindando un carácter de modernización institucional a la fundación.
A lo largo de más de 50 años El Peñón ha cambiado significativamente la vida de miles de familias de municipios de Morelos y Puebla.